Zapatero aplica a las relaciones con la Iglesia el mismo guión escrito por González en 1982 La historia de las desavenencias entre obispos y Estado puede repetirse dos décadas después.
La de los obispos con el PSOE bien se podría titular «Historia de un desencuentro». Desde que los socialistas llegaran por primera vez al poder en 1982 ¬pocos días antes de que Juan Pablo II pisara suelo español¬ hasta la despedida de Felipe González en 1996, las fricciones entre el partido socialista y la Iglesia han sido continuas. Como una recreación de «don Camilo» y «Pepone» en su vertiente menos cómica, la Iglesia ha tratado de mantener el equilibrio sobre la tensa cuerda de sus relaciones con los socialistas. Se abre, quizás, un nuevo período de agrias desavenencias. Los obispos españoles y la Santa Sede quisieron tener un gesto conciliador con el PSOE ¬que tenía todas las papeletas para vencer en las elecciones de 1982¬ y aplazó la visita de Juan Pablo II hasta después de los comicios. La Iglesia quería evitar cualquier vinculación del viaje papal con el desenlace electoral. Y lo consiguió. La victoria socialista contó con un masivo apoyo del voto católico: más del 80 por ciento de sus electores profesaba esa religión.
Pese a ello, pronto llegó el desencanto para muchos de esos votantes y, especialmente, para los obispos. Existía un sector amplio en la Iglesia de aquellos años «que veía en el socialismo la opción política más deseable para conseguir la justicia», según afirman José Andrés-Gallego y Antón M. Pazos en su libro «La Iglesia en la España contemporánea» (ediciones Encuentro). Sin embargo, el PSOE no parecía cambiar esa injusticia estructural ya que, más bien, se escoraba hacia el anticlericalismo rancio.
Aborto. En 1983 el PSOE planteó la despenalización del aborto, delito consignado en el Código Penal, en ciertos supuestos (malformación en el feto, fecundación del óvulo a consecuencia de una violación y existencia de peligro físico o psíquico para la madre). La resistencia a esta ley fue permanente. Un recurso ante el Tribunal Constitucional paralizó su aplicación, aunque sólo por defecto de forma, con lo que entró en vigor en 1985. Ya en 1991, se trató de ampliar el número de supuestos en los que se despenalizara el aborto, cosa que solicitó el Fiscal General de Estado, Leopoldo Torres. El cuarto supuesto, llamado socioeconómico, tampoco salió adelante, ante una gran movilización social.
Reproducción Asistida. En 1988, se promulgaron leyes sobre Reproducción Asistida y acerca de la donación y el uso de embriones y fetos humanos o sus células. En ellas se señalaba que los embriones sólo podrían permanecer congelados cinco años, pero no qué hacer con ellos después. Hoy por hoy, este frente no está zanjado.
Relaciones con el Vaticano. El Gobierno de Felipe González se distanció de la Santa Sede. En 1985, nombró a Puente Ojea, ateo militante, como embajador ante el Vaticano. Dos años más tarde fue cesado tras divorciarse y prologar un libro crítico con el Papa.
Mártires de la Guerra Civil. Juan Pablo II decidió desbloquear, en 1981, las beatificaciones de mártires españoles de la Guerra Civil, que su predecesor, Pablo VI, había paralizado en 1966. Las primeras beatificaciones, en 1987, cayeron como un jarro de agua fría sobre el Gobierno, que veía en ellas un motivo político y partidista. La representación gubernamental en el acto fue prácticamente nula.
El nuncio «Culpabili». En 1980, Antonio Innocenti fue nombrado nuncio en España, y no entró con buen pie. Sus primeras declaraciones indujeron a pensar que veía a nuestro país como una «república bananera». Alfonso Guerra le «cambió» el apellido por «Culpabili». En 1985 fue sustituido por Mario Tagliaferri.