En opinión de estas organizaciones, el establecimiento de la asignatura Historia de las religiones en el nuevo Real Decreto de Enseñanzas Mínimas de ESO responde a presiones políticas de la Conferencia Episcopal. "Ante la pérdida de adhesiones en el propio ámbito religioso, la iglesia católica española pretende encastillarse en las escuelas forzando medidas políticas, no educativas, que afectan al currículo de todos los alumnos y no sólo de aquellos que eligen la asignatura de religión".
Los sindicatos y la FAPA opinaron que el objetivo de esta asignatura es incrementar una capacidad de influencia que el carácter progresivamente laico de la sociedad le va mermando y que no puede recuperar desde las parroquias. Además, indicaron que "la pérdida del alumnado que asiste a clases de religión, en beneficio de la llamada 'alternativa', que anualmente se produce en todos los centros de enseñanza, es el principal obstáculo de esta utilización interesada del marco escolar".
De esta manera, criticaron que la existencia de una alternativa a la religión católica, que también sea religiosa, "supone un elemento de disuasión para evitar la salida a opciones puramente laicas: era el proyecto del PP y de la LOCE, que pretendía regular con carácter obligatorio".
Por estas razones, afirmaron que "lo que está en juego no es el derecho a elegir formación religiosa, sino el derecho a optar por una educación laica. En un Estado no confesional, el nuevo Real Decreto debe garantizar la libertad de los ciudadanos que no desean para sus hijos una educación religiosa y debe hacerlo a través de la claridad de la norma y de medidas que faciliten el ejercicio del derecho a la laicidad de la educación". Y manifestaron que no es "académicamente admisible extraer del área de las Ciencias Sociales los contenidos referidos a la historia de las religiones".
