Las obras realizadas durante esos dos años largos van devolviendo a San Juan de Ortega la estampa de siglos pasados y, sobre todo, están sentando las bases para hacer posible los nuevos usos contemplados. La UTE Contratas y Obras San Gregorio es la encargada de ejecutar la restauración, presupuestada en 4,22 millones de euros, de los que la Consejería de Cultura y Turismo aporta 2,54 millones y el resto el Arzobispado y la Fundación Caja de Burgos, firmantes todas ellas del convenio de colaboración.
Las actuaciones en esta fase tienen como objetivo la recuperación general de la envolvente exterior del inmuebles. Así, en base a ello, se han ejecutado todas las cubiertas y se han intervenido en las fachadas, con el tratamiento de los paramentos de las mismas; igualmente, se ha trabajado en el cierre de los huecos con carpinterías acristaladas y se ha reconstruido la arquería de la panda norte, totalmente derruida antes de la intervención, recuperando los elementos originales que se encontraban en la zona de hundimiento y la modulación de las arquerías originales, aplicándose un mortero y acabado de estuco.
En cuanto al interior del edificio, se ha realizado la totalidad de la estructura de forjados, así como se ha restablecido la comunicación entre las plantas del inmueble, con dos escaleras en los ángulos noroeste y suroeste del claustro, así como una tercera hacia el sótano. Con todas estas actuaciones, el inmueble comienza a tomar forma, al poder verse los volúmenes así como la sobrecubierta y el claustro completado tras haberse rehecho la cuarta pared que estaba derruida. Aunque aún falta toda la pintura y limpieza.
Una parte importante de este proyecto tiene que ver con sus futuros usos, especialmente del albergue que se ampliará incorporando zonas recuperadas y próximas al albergue histórico.
