A comienzos del siglo XVI se produce uno de los acontecimientos más importantes en la Historia europea: la Reforma protestante. Este hecho supuso la división del cristianismo occidental entre católicos y protestantes, pero, además dividió a la sociedad europea, y generó conflictos y guerras entre diversos Estados, que se extendieron hasta mediados del siglo XVII.
Los orígenes de la Reforma protestante deben buscarse en la crisis que sufría la Iglesia desde la Baja Edad Media. El alto clero vivía con gran lujo y alejado de los principios que establecían los Evangelios. Por otro lado, la Iglesia había padecido un grave problema de autoridad en la época en la que llegó a ver tres papas. A principios del siglo XVI, la crisis religiosa se agudizó cuando los papas decidieron conceder indulgencias a todos aquellos que entregasen dinero para poder construir la nueva basílica de San Pedro en Roma. Esto generó un aluvión de críticas.
Un grupo de humanistas cristianos, entre los que destacaron Tomás Moro y Erasmo de Rotterdam, denunciaron la situación de la Iglesia, la corrupción, la falta de preparación religiosa e intelectual de muchos sacerdotes y el apego a las riquezas y no a los valores cristianos profundos. En este ambiente surgió la Reforma, aunque ninguno de los dos humanistas citados dio el paso para romper con la Iglesia Católica.
La Reforma protestante fue iniciada por el fraile agustino alemán Martín Lutero, profesor de Teología en Wittenberg. En el año 1517 clavó en la puerta de la iglesia de dicha ciudad un documento que contenía 95 tesis, en las que resumía las razones de su crítica a la Iglesia. Ello provocó su excomunión y expulsión de la Iglesia.
Lutero defendía una doctrina en la que se valoraba más la fe que las obras; lo importante era tener fe, y no tanto realizar determinadas acciones externas, como defendía la Iglesia Católica. Otro punto de la doctrina luterana sería la libre interpretación de la Biblia, que podía realizar cualquier creyente sin necesidad de una autoridad religiosa que lo supervisara. Para poder hacer posible esta libre interpretación había que traducir la Biblia del latín. Lutero tradujo al alemán la Biblia. Una tercera cuestión fundamental del luteranismo era el rechazo al lujo y las imágenes de los templos, a la jerarquía eclesiástica y al celibato de los sacerdotes. Por fin, solamente se admitían dos sacramentos: el bautismo y la eucaristía.
La Reforma protestante no sólo tuvo consecuencias religiosas, sino que tuvo importantes repercusiones políticas, como apuntábamos más arriba. Tras su excomunión, los príncipes del norte de Alemania, que estaban enfrentados al emperador Carlos V, apoyaron a Lutero, oponiéndose a la autoridad del papa y del emperador. Esta división provocó que el emperador convocara una serie de reuniones o Dietas en Worms y Spira para intentar poner fin al cisma y evitar una guerra. Pero no se llegó a ningún acuerdo y las tropas imperiales se enfrentaron a las de los príncipes protestantes. En 1555 se firmó la Paz de Augsburgo. Los príncipes del norte quedaron en libertad para decidir qué religión deseaban adoptar en sus dominios.
El protestantismo se extendió por toda Europa. Melanchthon se encargó de difundir las ideas de Lutero por toda Alemania. Calvino defendió la necesidad de mantener una intensa fe personal, en la creencia de la predestinación y en el cumplimiento de una rígida moral. Intentó establecer en la ciudad de Ginebra, a mediados del siglo XVI, un gobierno de acuerdo a sus principios religiosos. Los seguidores de Calvino serían los calvinistas o hugonotes, y se extendieron por los Países Bajos, Francia y Escocia.
En Inglaterra, el rey Enrique VIII, opuesto al papa Clemente VII por no concederle el divorcio de su esposa Catalina de Aragón, decidió separarse de la Iglesia Católica en 1534. Promulgó el Acta de Supremacía, por la que proclamó que el rey era el jefe de la Iglesia de Inglaterra. Nacía el anglicanismo, con elementos católicos y protestantes.
En la segunda mitad del siglo XVI el continente quedó dividido entre una Europa católica y otra protestante.
