El documento vaticano, cuando reafirma que la Iglesia de Cristo es una y subsiste en la Católica Romana, "trata a los cristianos protestantes como creyentes de tercera clase", dicen los protestantes. "Esta diferencia de trato constituye un menosprecio hacia el protestantismo que ahora se hace oficial. Se hace más evidente que nunca el carácter monopolizador de la institución que aglutina la Iglesia de Roma, para la cual el único camino que lleva a la unidad de los cristianos no es el diálogo y la búsqueda de la verdad en la Biblia, sino formar parte de la Iglesia Católico-Romana", dice la AEE.
Desde la perspectiva de los evangélicos "hay una sola Iglesia cristiana, la formada por quienes aceptan a Jesús como salvador y señor de su vida, y al Evangelio como máxima referencia de fe y conducta". El presidente de la Federación de Comunidades Judías de España, Jacobo Israel, sostiene también que Benedicto XVI dificulta las relaciones ecuménicas de todos los cristianos al reafirmar que la Iglesia de Cristo es únicamente la Católica Romana.
En el campo católico más abierto, partidario de mantener las reformas del Concilio Vaticano II ahora amenazadas, tampoco ha gustado el documento papal. El teólogo Enrique Miret Magdalena lo calificó ayer de "exagerado".