La orden del ministerio de Defensa desató una fuerte reacción de los responsables del área educativa de la Iglesia. También los padres de los alumnos que allí concurren protestaron frente a la medida
Con el fin de actualizar el funcionamiento de los liceos militares y como parte de una reforma encarada por el ministerio de Defensa, esta cartera decidió suprimir el dictado de educación en dichos institutos.
La resolución provocó una dura reacción del responsable del área educativa de la Iglesia. Para el presidente de la comisión de Educación del Episcopado, el arzobispo de La Plata, Héctor Aguer, la decisión implica un lamentable retroceso, ya que la ley de Educación Nacional y aseguró que ejecutada en el año del Bicentenario patrio, la resolución parece una broma de mal gusto”.
Desde la cartera de Defensa señalan que solo se suprimió la obligatoriedad de la educación católica, que formaba parte de la currícula, para respetar la libertad de culto y que a esa formación se podrá seguir impartiendo con carácter optativo como parte de la actividad extracurricular, después del horario escolar.
Sin embargo, esa precisión no figura en la resolución del ministerio de Defensa, de fecha 5 de marzo, donde se aprueba y detalla el "Plan de Liceos 2010" donde se afirma que junto con la supresión de "religión-catequesis- formación ética y espiritual", se crea "Problemáticas Ciudadanas en la Argentina Contemporánea", para formar en la ciudadanía democrática y el respeto a los derechos humanos.
A su vez, los padres se sumaron a los reclamos por ello y reclamaron sobre las restricciones en la instrucción militar y el uso de armas.
Ante ello, Defensa destacó que tras las quejas, se dictó una resolución complementaria por lo que se autoriza a que los estudiantes del último año puedan practicar con los fusiles FAL en el último trimestre cuando la resolución original de la medida solo permitía el uso de la carabina calibre 22. Además de que se brinda más espacio a la instrucción militar.