Es en materia educativa donde la Revolución de 1868 marcó otra clara diferencia con el reinado de Isabel II, al proclamar en el Manifiesto del Gobierno Provisional, la libertad de enseñanza.
La Constitución de 1869 respetó algunos privilegios de la Iglesia, pero introdujo cambios importantes, partiendo del hecho de que España dejaba de tener religión oficial. El artículo nº 21 obligaba a la nación a mantener el culto y los ministros de la religión católica, respetando uno de los principales puntos del Concordato de 1851. Pero, ahora se permitía el libre ejercicio privado y público de cualquier otro culto a los extranjeros residentes en España y a aquellos españoles que profesasen otra religión, con la única limitación de respetar “las reglas universales de la moral y el derecho”. Por otro lado, la obtención y desempeño de empleos y cargos públicos, así como la adquisición y ejercicio de los derechos civiles y políticos, sería independiente de la religión que profesasen los españoles.
Es en materia educativa donde la Revolución de 1868 marcó otra clara diferencia con el reinado de Isabel II, al proclamar en el Manifiesto del Gobierno Provisional, la libertad de enseñanza. En el texto no se alude expresamente a la Iglesia Católica, pero sí se puede leer entre líneas una crítica profunda a su influencia y censura: “La libertad de enseñanza es otra de las reformas cardinales que la revolución ha reclamado y que el Gobierno provisional se ha apresurado a satisfacer sin pérdida de tiempo. Los excesos cometidos en estos últimos años por reacción desenfrenada y ciega, contra las espontáneas del entendimiento humano, arrojado de la cátedra sin respeto a los derechos legal y legítimamente adquiridos y perseguido hasta en el santuario del hogar y de la conciencia; esa inquisición tenebrosa ejercida incesantemente contra el pensamiento profesional, condenado a perpetua servidumbre o a vergonzoso castigo por Gobiernos convertidos en auxiliares sumisos de oscuros e irresponsables poderes….”
La libertad de enseñanza se reguló por un Decreto de octubre de 1868. En la disposición se establecía que el Estado carecía de autoridad para condenar las teorías científicas y debía dejarse a los profesores en libertad para exponer y discutir lo que pensasen. Pero en materia educativa no se avanzó mucho más, porque no cuajó ningún proyecto para crear una ley general que sustituyera a la Ley Moyano.
En el reinado de Amadeo de Saboya el principal problema entre el Estado y la Iglesia se centró en la polémica que generó, para los católicos, la elección del titular de la nueva monarquía democrática, a pesar de que el nuevo rey era católico, aunque progresista y defensor de las desamortizaciones. Pero Amadeo I era hijo de Víctor Manuel II, monarca que había terminado con la existencia de los Estados Pontificios, al completar el proceso de unificación italiana. El Papa no reconoció la nueva situación política, considerándose como si fuera un rehén en el Vaticano.
En la Primera República, el proyecto constitucional federal de 1873 estableció en su artículo nº 34, por vez primera en la historia española, la separación entre la Iglesia y el Estado. Ninguno de los distintos entes de la República -Nación o Estado federal, poderes regionales, y municipales- podría subvencionar directa ni indirectamente ningún culto. Las actas de nacimiento, de matrimonio y defunción serían registradas por autoridades civiles. Por fin, se proclamaba la libertad de cultos. El texto nunca entró en vigor, pero marcó la tendencia que el republicanismo defendería posteriormente, la defensa de los principios del laicismo y de la separación entre la Iglesia y el Estado.
