La eliminación de los emblemas se ha hecho no sin gran resistencia por parte de un grupo de docentes, en especial la profesora de Religión, que el pasado mes de noviembre colocó a sus alumnos una pegatina a favor de la manifestación convocada por el PP de rechazo a la LOE. De hecho, la retirada ha llegado siete meses después de que el sindicato CGT presentara ante la dirección del centro un escrito canalizando las demandas de un grupo de padres, que prefirió mantener su anonimato para que "ni ellos ni sus hijos fueran discriminados, señalados con el dedo o acosados", según José Antonio Ojeda, responsable de Educación laica de CGT.
Han hecho falta varios informes de la Inspección de Educación (en diciembre) y dos de la Delegación de Educación. La delegada de Educación en Jaén, Angustias María Rodríguez, esgrime en la resolución enviada al centro el informe del 6 de agosto de 2001 del Defensor del Pueblo de Andalucía, José Chamizo, en el que venía a concluir que "los símbolos religiosos colocados en centros públicos pueden vulnerar el derecho a la libertad religiosa", por lo que entendía que "deben ser retirados cuando lo soliciten alguno de los que se consideren afectados". Ese informe ha sido duramente criticado desde el Obispado de Jaén, máxime por la condición de sacerdote de Chamizo. La delegada de Educación dijo compartir ese informe y recordó que en un Estado aconfesional "no puede haber discriminación por razón de tipo religioso".
Uno de los padres que se dirigió al sindicato CGT, M.L.L., dijo que su reivindicación se remonta a principios de curso. "Es lamentable que para defender nuestros derechos nos tengamos que esconder", dijo, para censurar a continuación la "dura resistencia y la intolerancia" encontrada en algunos sectores del claustro de profesores del centro público baezano. "No nos oponemos a que la Religión se siga dando en las aulas, pero exigimos respeto hacia nuestro derecho constitucional de una enseñanza laica para nuestros hijos", indicó.
A raíz de la resolución de Educación, la dirección del centro suspendió una actividad que se pretendía celebrar para todos los alumnos, en horas lectivas, en la catedral de Baeza. Para CGT el caso no es aislado, pues en los últimos meses se han dado situaciones similares en otros municipios jiennenses como Úbeda, Quesada o Sabiote, donde incluso se retiró recientemente el rezo con el que los alumnos iniciaban su clase matinal. También la Unión de Sindicatos de Trabajadores de Andalucía (USTEA) ha mostrado su respaldo a la medida adoptada por la Junta. Pilar Balches cree que "deben hacerse efectivos, de una vez y para siempre, los preceptos constitucionales de separación entre Iglesia y Estado y el de aconfesionalidad del mismo".