La crisis entre el Ejecutivo de Arias Navarro y el cardenal Tarancón por una homilía del obispo de Bilbao llegaron a tal punto que el presidente de la Conferencia Episcopal redactó y firmó un decreto de excomunión que afectaba tanto a Franco como a los miembros del gobierno
Todos conocemos que el Régimen del General Franco tenía dos pilares: el Movimiento y la Iglesia Católica, hecho este que hizo que se hablara del Nacionalcatolicismo como un aspecto político del periodo que va desde 1936 a 1975. El laicismo del gobierno del Frente Popular y el arrinconamiento de la actividad religiosa a los templos, además de los actos de violencia contra las propiedades de la Iglesia con la quema de templos y conventos hizo que la institución católica apoyara el Golpe de Estado de Franco contra el gobierno legalmente establecido incluyendo, incluso, términos como Cruzada refiriéndose a la guerra o que Franco había sido enviado por Dios para liberar a la católica España de las hordas ateas.
A lo largo de ese periodo la Iglesia tenía mucho poder en España: poder en el arte, poder en la cultura, poder en la política, poder en la educación, y un largo etc. La Iglesia se encargó de la moral de los españoles casi al mismo nivel que el propio Franco. El Régimen le dio poder. Los españoles estaban acostumbrados a las fotografías de obispos levantando el brazo realizando el saludo fascista en actos oficiales, obispos y sacerdotes en programas de televisión, Franco entrando bajo palio en los templos, etc.
Sin embargo, la Iglesia dio la espalda al régimen a principios de los años 70 uniéndose al pueblo, incorporando miembros al Partido Comunista o siendo cabecillas del incipiente nacionalismo vasco. Era la época en que presidía la Conferencia Episcopal el cardenal Vicente Enrique y Tarancón. El Régimen vio una amenaza con esa vuelta de timón ya que, si se caía uno de los dos pilares, sus días estaban contados dado que ya no contaba con el apoyo moral de la Iglesia. La ultraderecha dejó claro su descontento con frases como Tarancón al paredón y Obispos traidores en cada acto o manifestación en que se reunían, ya fuera para exaltar a Franco, ya sea para protestar contra los «enemigos del Régimen», como ocurrió en las puertas de las Salesas en el Proceso 1001. El enfrentamiento entre miembros del Régimen y la Iglesia se hizo muy patente el día del funeral de Carrero Blanco. Ahí ocurrieron dos hechos en los que la tensión fue máxima. El primero fue en San Francisco El Grande, cuando uno de los miembros del gobierno se negó a darle la mano a Tarancón en el momento de dar la paz. El segundo fue en el traslado de los restos de Carrero a El Pardo. La gente congregada increpó con violencia al cardenal temiéndose, incluso, por su seguridad.
El 24 de febrero de 1974 se produjo un hecho que llevó las relaciones entre España y el Vaticano hasta el casus belli. El obispo de Bilbao, monseñor Antonio Añoveros publicó una pastoral que fue leída en todos los templos de su diócesis en la que hacía un llamamiento para que se reconociese la singularidad y la identidad cultural del pueblo vasco. Desde el gobierno se acusó a Añoveros de lanzar ataques contra la unidad nacional. Arias Navarro, presidente del gobierno recién nombrado por Franco, recibió presiones por parte de la extrema derecha y recluyó al obispo y a su vicario general, monseñor Ubieta, y les impuso arresto domiciliario. Ahí se produjo un tira y afloja entre las autoridades eclesiásticas y el gobierno. Arias no cedía e intentó expulsar a Añoveros del país. Éste se negó y alegó que él sólo reconocía la autoridad de Pablo VI y que sólo abandonaría España por orden del Papa. En ese momento, el gobierno lanzó un órdago: amenazó a Tarancón, no sólo con la expulsión del obispo de Bilbao, sino también con la ruptura de relaciones diplomáticas con el Vaticano y la expulsión del Nuncio. Fue en ese momento en el que Tarancón, alegando artículos del Derecho Canónico, amenazó al gobierno con la excomunión tanto de presidente y ministros como de Franco. Arias no cedía y, por ello, Tarancón redactó y firmó el decreto de excomunión.
Al final, Añoveros viajó a Madrid en coche y se reunió con la Comisión Permanente de la Conferencia Episcopal. Ahí se redactó un texto en el que el obispo se «retractaba». Ese documento se envió al Palacio de El Pardo, lugar donde estaba el gobierno en pleno por estar en Consejo de Ministros. El documento se leyó y Franco montó en cólera porque no se le había informado de las medidas del gobierno. Al final Arias se vio obligado a retirar la orden de expulsión.
Sin embargo, lo que estuvo claro es que, durante unas horas, el gobierno y el Jefe del Estado de un Régimen confesional estuvieron excomulgados.
