La participación española en el Concilio Vaticano II no fue muy importante, eso sí, insistiendo en la condena del comunismo y en el reforzamiento del poder de la Iglesia, además de seguir defendiendo la confesionalidad del Estado. Pero, dado el desfase de la teología en España, no se aportó ninguna novedad al conjunto de la Iglesia católica.
Pero el Concilio superó toda la situación anterior de la Iglesia, poniendo de manifiesto para el caso español que el modelo del Concordato ya no valía, ni, por supuesto, el nacionalcatolicismo. El documento conciliar que más impactó en España fue Gadium et Spes, promulgada por Pablo VI en diciembre de 1965, que reconocía el derecho de los obreros a crear sindicatos y acudir a la huelga, condenaba las dictaduras, exigía una mejor y mayor distribución de la riqueza y que se defendiesen los derechos huma- nos. Además, la Dicnitatis Humanae, también promulga da en ese mismo momento por Pablo VI reconocía la libertad religiosa y la práctica libre de cada confesión. Todos estos nuevos posicionamientos iban en contra del franquismo y de los principios de la propia Iglesia española.
Como consecuencia del Concilio Vaticano II, en 1966 se creó la Conferencia Episcopal, como órgano colectivo y colegial de los obispos españoles. Se trataba de coordinar el trabajo de la jerarquía eclesiástica y plantear unas orientaciones comunes en las cuestiones pastorales y presentar posturas comunes ante los problemas de la Iglesia, las relaciones con el poder político, y las relaciones con la sociedad española, en plena evolución en una década tan dinámica como fue la de los años sesenta.
No cabe duda de que el principio de la colegialidad era toda una novedad, especialmente en la Iglesia española. Hasta entonces no fueron comunes las reuniones de obispos, y cuando se produjeron lo fueron para tratar algún asunto importante que había que atender. En todo caso, a partir de 1926 comenzó a funcionar la denominada Junta de Metropolitanos.
Una de las primeras cuestiones importantes a la hora de estudiar la Conferencia es el de su autoridad porque no quedaron muy claros los límites de la misma en relación con la que tenía cada obispo, pero es cierto, que poco a poco la Conferencia sí fue adquiriendo preponderancia, con su desarrollo, publicando comunicados sobre distintos temas, y esa tendencia fue creciendo a medida que avanzó el tiempo en un momento de crisis final del tardofranquismo y con la llegada de la Transición. Pensemos, por ejemplo, el conflicto que se generó con el conocido “caso Añoveros”.
Los aires nuevos se cristalizaron en la Asamblea Conjunta de obispos y sacerdotes de 1971, buscando que la Iglesia se adaptase al nuevo contexto internacional, pero también en relación con una España que estaba cambiando. La Asamblea estudió cómo era el clero español en ese momento, descubriendo que ya no era monolítico ni completamente adicto al régimen. Los miembros más jóvenes de la Iglesia ya no se identificaban con el mismo, y sí más con la sociedad española. En la Asamblea se discutió, además, si la Iglesia debía pedir perdón por no haber sido un instrumento de reconciliación al terminar la Guerra Civil ni posteriormente. No se aprobó, pero significativo fue que el concepto de cruzada desapareció por el de guerra civil. La Asamblea buscaba, en definitiva, la existencia de una Iglesia distinta a la del Concordato, y de acuerdo con el espíritu del Concilio Vaticano II, desvinculándose del régimen.
Los desencuentros entre la Iglesia y el Estado se multiplicaron en los comienzos de la década de los setenta, aunque una parte de la jerarquía siguió siendo intensamente franquista. Por su parte, el papa Pablo VI no era del gusto del régimen, y el mismo pontífice no era muy proclive hacia el mismo tampoco. En este contexto, en el año 1971 llegaba el cardenal Vicente Enrique y Tarancón a la presidencia de la Conferencia Episcopal, aunque de forma oficial no sería su presidente hasta marzo del año siguiente. El cardenal imprimió un cambio importante en la relación entre la Iglesia y el Estado. Tarancón explicaría en sus memorias posteriores que había intentado desligar a la Iglesia del franquismo porque aquella había pagado un alto precio moral por haber apoyado al régimen. En ese tiempo estarían las tensiones que se produjeron en el funeral de Carrero Blanco y, sobre todo, el caso Añoveros, que llevó a la Dictadura casi al abismo de la excomunión.
El tardofranquismo observó entre la perplejidad y el en fado cómo la Iglesia se iba despegando del régimen y sus sectores ultras se enfrentaron a la misma.