Teóricamente, el estamento clerical era más abierto que el nobiliario. El clero se diferenciaba en clero secular (eclesiásticos no sujetos a reglas conventuales y que dependen directamente de la jerarquía eclesiástica ordinaria) y clero regular (religiosos sometidos a las reglas de órdenes o congregaciones). Pero, también existía el alto clero, constituido por las altas dignidades de la Iglesia y de las Órdenes Religiosas. Estas dignidades solían, salvo algunas excepciones, estar ocupadas por miembros segundos de las casas nobiliarias y hasta de las familias reales. El alto clero administraba sustanciosas rentas y poseía gran poder. Debajo, se situaba el bajo clero, formado por los curas párrocos, los frailes y monjes y los legos (religiosos que no han recibido órdenes sagradas). Eran de condición social más baja, más cercanos en sus formas de vida al pueblo llano que al alto clero, aunque gozaban de privilegios.
El clero tenía mucha importancia en los países católicos dada sus funciones espirituales, pero también por el control que ejercían sobre la educación, la cultura, el arte, la moral y por sus funciones caritativas.
El clero católico seguía las directrices del Papa y gozaba de amplias prerrogativas. Disfrutaba de un inmenso patrimonio basado en las manos muertas, en la acumulación de bienes y propiedades protegidos que no podían enajenarse, así como por los diezmos y tributos que recibían por ejercer sus funciones religiosas.
Durante los siglos XVII y XVIII algunos monarcas europeos intentaron recortar los privilegios eclesiásticos a través de la aplicación de la doctrina del regalismo, que defendía la intervención de los reyes en asuntos eclesiásticos que no fueran estrictamente espirituales. Esto generó algunos conflictos entre los reyes franceses y españoles con el Papado. El enfrentamiento entre la Monarquía y la Iglesia Católica se puso de manifiesto en el siglo XVIII cuando los jesuitas fueron expulsados de Portugal y España, y la orden fue suprimida por el papa Clemente XIV en 1773.
El clero protestante era muy diferente del católico, ya que carecía de los recursos materiales de la Iglesia Católica y estaba más vinculado a sus monarcas; de hecho, era la prolongación de la autoridad de los reyes y no reconocía la autoridad del Papa. Frente al celibato católico, el protestantismo autorizó el matrimonio para sus pastores, convirtiéndose en el modelo familiar para sus comunidades.
La Iglesia protestante tenía una gran diversidad. Destacaban tres grandes grupos: los luteranos en los Estados alemanes y escandinavos, los calvinistas en Suiza y en Francia (hugonotes) hasta su expulsión por parte de Luis XIV, y los anglicanos en Gran Bretaña y las Trece Colonias.
