El Banco de España ha expedientado a los dos últimos consejos de administración de Cajasur por no seguir sus directrices, en particular por rechazar, en una de las ocasiones, la fusión con Unicaja, entidad a la que el mismo supervisor ha denegado la adjudicación de la entidad cordobesa en favor de la vasca BBK.
Los afectados por los expedientes son todos los miembros del consejo de administración de Cajasur renovado en junio de 2005, entre los que se encuentran Juan Moreno, sucesor del sacerdote Miguel Castillejo, y el actual obispo auxiliar de Bilbao, Mario Iceta. También se dirige el expediente contra el último presidente, Santiago Gómez Sierra, y Fernando Cruz Conde, ex vicepresidente.
Según el Banco de España, el consejo de administración de Cajasur obvió las recomendaciones o no realizó los esfuerzos suficientes para reducir el elevado riesgo en el que incurría la entidad en el sector inmobiliario. El expediente al consejo de administración previo a la intervención del Banco de España responde al rechazo a la fusión con Unicaja.