Estella tiene diecisiete fincas inmatriculadas por la Iglesia. De ellas sólo cinco están destinadas actualmente al culto religioso. Se trata de las cuatro parroquias, registradas en 2004, y la basílica del Puy con su casa del capellán, huerto y bar, escrituradas en 2011.
Con estos datos, el alcalde de la ciudad, Koldo Leoz, ha explicado que trabajarán junto a la Plataforma en Defensa del Patrimonio Navarro para analizar el estado de cada uno de los bienes y fincas. Una vez analizados exigirán un mantenimiento de las mismas y el pago de la diócesis del Impuesto sobre Bienes Inmuebles (IBI).
Entre las propiedades inmatriculadas está la antigua Iglesia del Santo Sepulcro, una joya del gótico frente al Ega. También las antiguas capillas, sin uso religioso, de Santa María y San Jorge. Lo más llamativo es que entre las fincas inmatriculadas ese año están dos solares que forman parte de las vías públicas de la ciudad. 400 metros cuadrados de la plaza de San Miguel pertenecen a la diócesis. También 500 metros de Plazoleta junto a la iglesia de San Pedro de Lizarra. En 2005 se inmatriculan también una vivienda dúplex en la plaza de los Fueros, la casa parroquial de San Juan y un local comercial en la calle La Corte. Las últimas propiedades se registran en 2011 y se trata de dos solares que suman 9.000 metros cuadrados. Uno en la zona de San Lorenzo y otro en el área de Belín.
