Durante la Guerra Civil, los integrantes de esta orden fueron duramente represaliados por “criminales” y “antipatrióticos”, hasta tal punto de ser lanzados a los cerdos y juzgados años después de ser fusilados
Finales de julio de 1936. Varios militantes de Falange y Acción Popular, a la cabeza el capitán de Artillería retirado Pascual Zaforteza Villalonga, junto a su hermano Antonio y el teniente de Intendencia Lorenzo Serra Siquier, irrumpen en el número 32 de la calle Anselm Turmeda de Palma. En el primer piso del edificio se ubica el Templo de la Logia Pitágoras, fundada el 9 de febrero de 1932 bajo los auspicios de la Obediencia masónica Gran Oriente Español. Los asaltantes se apoderan de todo cuanto encuentran a su paso: ingente documentación, mobiliario, emblemas y ornamentos rituales y los trasladan a la sede del partido católico. Tras ser exhibidos durante varios días en la sede social de Acción Popular, los objetos serán enviados a Marcelino Ulibarri, delegado nacional de los Servicios Especiales de la Secretaría Particular del Generalísimo en Salamanca.
