La segunda etapa de la Historia del anticlericalismo nació en pleno proceso de la Revolución liberal-burguesa. En la Guerra de Independencia aparecieron los primeros brotes del anticlericalismo social. La banda del “Boquica” en Cataluña, que asaltaba conventos, los enfrentamientos entre la Junta de Sevilla y el Obispado de la ciudad, así como el proyecto desamortizador de Canga Argüelles en 1814 son ejemplos de dichos brotes. La represión contra los liberales desarrollada por Fernando VII, con el apoyo de la Iglesia, y la oposición de ésta a las leyes aprobadas en el Trienio Liberal en relación con la religión provocaron fuertes conflictos. La mayoría del clero se decantó hacia la defensa del absolutismo frente al liberalismo. En este enfrentamiento se socializaron los valores clásicos del anticlericalismo español, añadiendo los principios del liberalismo, como la igualdad ante la ley, la soberanía nacional y, algo más tarde, la separación entre la Iglesia y el Estado. En la época del Trienio se produjeron las primeras muertes de frailes en Cataluña en 1822 a manos de liberales exaltados.
La llegada del ejército de los Cien Mil Hijos de San Luis terminó con la experiencia del Trienio Liberal, comenzando un nuevo episodio de represión contra los liberales hasta la muerte de Fernando VII. Al iniciarse el período de la Regencia de María Cristina, gran parte del clero se vinculó al carlismo o defendió posturas muy conservadoras.
