Durante el reinado de Isabel II y en el Sexenio Democrático, la Iglesia sufrió las fuertes críticas del liberalismo progresista, del demócrata y, posteriormente, del republicanismo. El acoso de la prensa liberal hacia la Iglesia fue muy constante, al identificar a la institución con el absolutismo.
A partir del Sexenio las posturas en defensa de la secularización de la sociedad, del librepensamiento, del laicismo en distintos ámbitos y de la necesidad de la separación entre la Iglesia y el Estado tuvieron un evidente desarrollo. Con la Revolución de 1868 la Masonería consiguió dejar de estar perseguida, y comenzó su período de mayor expansión y desarrollo que llegaría hasta la debacle de la Guerra Civil. Destacados políticos, y no sólo en el seno del republicanismo, fueron masones y tuvieron importan tes responsabilidades en la Orden. La Masonería española no combatió la religión en sí, pero sí el poder de la Iglesia, especialmente desde posturas más bien defensivas ante el ataque constante que recibió de la misma y de los sectores más integristas de la sociedad española.
En el ámbito del libre pensamiento se generaron muchas sociedades y agrupaciones por todo el territorio nacional, y una activa prensa, destacando el semanario Las Dominicales del Libre Pensamiento. Este periódico nacería en 1883 y duraría hasta 1909, siendo en ocasiones suspendido, fruto de ataques y denuncias por parte de algunas autoridades, del integrismo y de la Iglesia. Fue fundado por Ramón Chíes y Fernando Lozano, personajes cerca nos al político republicano Manuel Ruiz Zorrilla Entre sus colaboradores estarían hombres y mujeres destacados del librepensamiento, la Masonería y el republicanismo, como Antonio Rodríguez García-Vao, Rosario de Acuña, Francisco Pi y Margall, José Francos Rodríguez, Emilio Castelar, Odón de Buen o Amalia Carvia. El periódico se convirtió en adalid de la defensa en España del librepensamiento, el agnosticismo, el ateísmo, los actos civiles (entierros civiles, fundamentalmente), la Masonería, la Teosofía, el krausismo, el feminismo y la defensa de la unidad de los republicanos.
No debe olvidarse tampoco la creación de muchas asociaciones y organizaciones librepensadoras por toda la geografía española, así como de escuelas laicas sostenidas por las mismas, o por la Masonería, además de las que abrieron socialistas y anarquistas.
También apareció en España la Teosofía a través de Francisco Montoliú y José Xifré, con una fuerte presencia en Barcelona, destacándose en su seno figura sobresaliente de Mario Roso de Luna.
Por su parte, el naciente movimiento obrero planteó una nueva dimensión del anticlericalismo en relación con el más clásico de los republicanos, los librepensadores y de los sectores más progresistas del liberalismo. Mientras el anarquismo atacó profundamente a la institución religiosa por su carácter de dominio y autoridad, como lo hacía contra el Estado, además de defender en sus publicaciones y en sus realizaciones una educación sin dogmas y libertaria, el socialismo incidió mucho en el carácter económico en su crítica a la Iglesia como una institución sostenedora del régimen de explotación capitalista. Todo este anticlericalismo se desarrollaría de forma evidente en el nuevo siglo XX.
