Terminada la contienda, y a pesar de la identificación entre el Estado franquista y la Iglesia hubo divergencias desde el primer momento como la cuestión del nombramiento de los obispos, un derecho que quería mantener Franco frente a la oposición de la Santa Sede. Durante unos años no hubo nombramientos hasta que se llegó al Acuerdo de 7 de junio de 1941. Franco consiguió su objetivo y Roma, por su parte, obtenía el privilegio de ser consultada cuando se legislase sobre materias que le interesaban, siendo necesario un previo acuerdo. En ese sentido, siempre lo ejerció, especialmente cuando se plantea ban disposiciones legislativas relativas a la educación.
El 16 de julio de 1946 se firmó un acuerdo sobre provisión de beneficios no consistoriales. De diciembre de ese mismo año sería el acuerdo sobre seminarios y universidades de estudios eclesiásticos. La Iglesia restableció, motu propio, el Tribunal de la Rota, el 7 de abril de 1947. Las cuestiones religiosas en las Fuerzas Armadas se regularon a partir del acuerdo de 5 de agosto de 1950, sobre jurisdicción castrense y asistencia en las mismas. Posteriormente, a esta época habría que citar el acuerdo de 5 de abril de 1962 sobre reconocimiento a efectos civiles de los estudios no eclesiásticos realizados en Universidades de la Iglesia.
A pesar de estos acuerdos las divergencias entre el Estado y la Iglesia durante los años cuarenta entre ambos poderes fueron reales y pudieron llevar a más de un conflicto, pero eso, lógicamente, no trascendió nunca a la opinión pública, ofreciendo una imagen de perfecta sintonía y armonía.
