Las logias, que en aquella época sí mantenían su condición de sociedades secretas, se unieron a otras asociaciones igualmente ocultas, creadas en su mayoría por el venezolano Francisco de Miranda, quien las extendió por toda Centroamérica, México y Sudamérica. En estas logias masónicas introdujo Miranda a Simón Bolívar, Patricio O'Higgins y José de San Martín, que se convertirían en los jefes de los ejércitos libertadores de Hispanoamérica.
La 'función fundamental de la masonería fue conspirar para hacer la guerra y, una vez obtenida la victoria, instalar el sistema democrático a través de la fundación de las Repúblicas'. La masonería y los masones aportaron a la independencia de América, por tanto, no sólo sus principios, sino la logia secreta como espacio y recurso para la conspiración política con el fin de lograr la emancipación.
El papel de Miranda se vio reforzado por su experiencia militar en la guerra de Independencia de Estados Unidos y en la Revolución Francesa. De ambas experiencias obtuvieron además los independentistas hispanoamericanos los principios políticos y la bandera de la 'Libertad, Igualdad y Fraternidad', alzada por primera vez en la lucha independentista de Estados Unidos y, posteriormente, en la Francia revolucionaria.
El curso sobre masonería continuó con la intervención de su director, Cayetano Núñez, quien abordó la relación entre masonería y laicismo. El profesor destacó el origen cristiano de la masonería llamada operativa, la originaria creada por los constructores de catedrales en la Edad Media.
Al perderse la función de la construcción de catedrales e iniciarse la masonería especulativa, filosófica, los nuevos miembros de las logias, a partir de las guerras de religión que habían asolado Europa, promovieron la tolerancia religiosa y la libertad de pensamiento, sustituyendo la idea de Dios por la de Gran Arquitecto del Universo, de forma que todas las religiones podían abarcarse bajo la logia.
Sin embargo, la defensa de estas nuevas ideas ilustradas, como la de la libertad de conciencia, el Estado de Derecho y la separación de la Iglesia y el Estado provocó una reacción de confrontación por parte de la Iglesia Católica, que desde la bula de Clemente XII en 1738 hasta un texto del Cardenal Ratzinger de 1983 condena la masonería.
El primer texto escrito en español en defensa de la separación Iglesia-Estado está firmado por Simón Bolívar en una explicación de su propuesta para la redacción de la Constitución de Bolivia. En el texto destacan por igual su laicismo como propuesta política y su sentido de lo religioso como propuesta moral o espiritual.
Una vez que el Estado de Derecho ya no necesita conquistarse y es la base constituyente de la mayoría de las sociedades, el laicismo defendido por los masones, según el profesor, debe ir dirigido a que el Estado reconozca el derecho de las religiones a existir e, incluso, promueva su permanencia con cargo a sus presupuestos, mientras que las religiones deben reconocer que las creencias religiosas ya no son constitutivas de la esencia del Estado, ni se puede confundir pecado con delito, ni la formación religiosa es un deber. Finalmente, el Estado puede facilitar la educación religiosa, pero no puede promover en la educación el conocimiento de nada que no sea verificable científicamente, al margen de que facilite el conocimiento de la religión como fenómeno propio de la cultura.
