Según el desarrollo de la ley orgánica de Educación, se podrá elegir entre una versión confesional de la asignatura de Religión (católica, evangélica, islámica o hebrea), una versión aconfesional o no asumir asignatura alguna. O sea, que no habrá una, sino dos alternativas: una, laica, de Historia de las Religiones, y otra para los que no quieran dar nada.
En este último caso los centros docentes dispondrán las medidas organizativas necesarias para que los alumnos cuyos padres o tutores hayan optado por que no cursen enseñanzas de religión reciban la debida atención educativa.
La reforma se preocupa de dejar claro el trato igualitario que dará la Administración a todas las confesiones religiosas. Con respecto a la católica, se ciñe a señalar que se basará en los acuerdos Iglesia-Estado. Las medidas organizativas adoptadas por los centros docentes deberán ser incluidas en su proyecto educativo para que padres y tutores las conozcan con anterioridad.
En la actualidad, la clase de Religión se imparte como asignatura voluntaria a los alumnos que así lo deseen. Generalmente, su alternativa es o bien las llamadas «actividades de estudio» -que cada centro configura a su manera- o bien Sociedad, Cultura y Religión.
La clase de Religión puede influir para pasar de curso, porque se cuenta como una asignatura más.